基因組大小分析服務(wù)
來(lái)源：本站 作者：admin 時(shí)間：2020-9-18
基因組大小分析服務(wù)
生物單倍體基因組中DNA總量，以基因組的堿基對(duì)來(lái)表示。在真核生物中，每種生物的單倍體基因組的DNA總量是恒定的，稱之為C值，C值反映了生物物種全部和特定的遺傳信息。不同物種的C值差別很大。
對(duì)于C值檢測(cè)的意義：1、與微衛(wèi)星的擴(kuò)增效率相關(guān)；2、作為細(xì)胞核大小、花粉粒直徑等表型的預(yù)示值, 基因組大小與細(xì)胞核大小、花粉直徑等表型性狀成正相關(guān)；3、作為生態(tài)與環(huán)境的預(yù)示值，C值與植物的生活史、地理分布、物候期、單位面積生物量、對(duì)生長(zhǎng)環(huán)境的敏感度
（如溫度和濕度的變化）等緊密相關(guān)，還能預(yù)測(cè)長(zhǎng)期的變化（諸如全球變暖）所引起的植被改變；4、利用推斷的C值來(lái)揭示古生物學(xué)的趨勢(shì)，例如，根據(jù)化石細(xì)胞的大小，可以推斷化石的DNA含量。在植物化石中，氣孔保衛(wèi)細(xì)胞的大小也可以用來(lái)估計(jì)DNA含量，進(jìn)而尋求C值的進(jìn)
化趨勢(shì)；5、C 值對(duì)物種保育具有重要的意義，大基因組的物種往往存在更大的滅絕風(fēng)險(xiǎn)。
目前基因組大小的精確測(cè)定只能采用測(cè)序法，由于實(shí)驗(yàn)樣本數(shù)量大、測(cè)序費(fèi)用高、實(shí)驗(yàn)操作難度大，讓很多研究者望而卻步，使得實(shí)驗(yàn)局限性很大。流式細(xì)胞術(shù)（FCM）則解決了這些弊端，同時(shí)還具備制樣方法簡(jiǎn)便、檢測(cè)速度快且結(jié)果較為準(zhǔn)確等優(yōu)點(diǎn)，因此被廣泛用于測(cè)定物
種的基因組大小。
基因組大小檢測(cè)的要點(diǎn)
1、基因組大小的計(jì)算必須有一個(gè)適合的內(nèi)參，參照物植物的基因組大小應(yīng)該在待測(cè)樣本的0.7到2.5倍范圍內(nèi)，并且應(yīng)使用低中高三個(gè)范圍的參照物。
2、已知物種基因組大小的查詢網(wǎng)址：http://data.kew.org/cvalues/。
3、樣本基因組大小=待測(cè)樣本的峰值/參照物的峰值*參照物基因組大?。╬g/Mb）。
實(shí)驗(yàn)原理
首先需要裂解液將組織中細(xì)胞核釋放出來(lái)，并打開(kāi)DNA鏈，然后用PI染液將細(xì)胞核DNA染色，再用儀器檢測(cè)細(xì)胞核里被染色的DNA發(fā)出的熒光強(qiáng)度。結(jié)果的橫坐標(biāo)表示熒光強(qiáng)度，縱坐標(biāo)表示細(xì)胞數(shù)量，通常來(lái)說(shuō)，信號(hào)峰高說(shuō)明信號(hào)比較好，雜質(zhì)少。
使用Sysmex-Partec CyFlow Ploidy Analyser對(duì)植株基因組大小進(jìn)行預(yù)測(cè)(Jaroslav et.al. 2007)
從平均熒光強(qiáng)度可知，a.姜黃沙棗(Curcuma angustifolia) (sample G1)的基因組是已知標(biāo)準(zhǔn)品大豆(Glycine max)(standard G1, 2C=2.50pg DNA)基因組的0.847倍，據(jù)此可算出姜黃沙棗的基因組大小約為2.12pg；b.橙黃山柳菊(Hieracium aurantiacum)(Sample G1)的基因組大小是標(biāo)準(zhǔn)品玉米(Zea mays)(Standard G1, 2C=5.43pg)的1.44倍，據(jù)此可算出橙黃山柳菊的基因組大小約為7.82pg。
實(shí)驗(yàn)儀器設(shè)備及方法
吉源生物采用配置532nm綠色激光的Sysmex-Partec CyFlow Ploidy Analyser，搭配Sysmex CyStain PI基因組大小檢測(cè)試劑盒，僅需半小時(shí)，即可完成基因組大小預(yù)估。實(shí)驗(yàn)基本步驟如下：
部分實(shí)驗(yàn)結(jié)果展示
水稻和睡蓮混合檢測(cè)結(jié)果
番茄和半枝蓮混合檢測(cè)結(jié)果
淺紋海馬和日本海馬混合檢測(cè)結(jié)果
水稻和番木瓜混合檢測(cè)結(jié)果
基因組大小分析服務(wù)范圍
C值檢測(cè)
生態(tài)學(xué)（特異種群的DNA變化）
分類學(xué)（創(chuàng)建植物DNA數(shù)據(jù)庫(kù)）
雜交育種（植物、魚(yú)、貝類）
基因組分類
遺傳毒性物質(zhì)的作用
生理學(xué)或者農(nóng)業(yè)學(xué)特性的鑒定
早期階段的性別鑒定（植物、家禽精子）
樣品準(zhǔn)備
植物樣品準(zhǔn)備：葉片的新鮮程度直接影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果。由于次生代謝產(chǎn)物的影響，會(huì)導(dǎo)致信號(hào)峰過(guò)寬，甚至檢測(cè)不到信號(hào)峰的情況。嫩葉的選擇要選取新鮮、完全舒展開(kāi)、無(wú)蟲(chóng)咬、無(wú)枯萎、分裂不活躍的部位實(shí)驗(yàn)結(jié)果：
魚(yú)類樣品準(zhǔn)備：大魚(yú)可以取血液樣本檢測(cè)，或者取魚(yú)組織檢測(cè)，切取0.5cm2大小的新鮮魚(yú)肉即可。
貝類樣品準(zhǔn)備：貝類大樣本可以直接撬開(kāi)貝殼，取貝的新鮮組織作為樣本。貝類幼苗需要收集剛孵化2-3天內(nèi)的浮游狀態(tài)的幼苗。
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